一、來源不同
蜂巢素是人工提取蜂巢中的有效成分并精制成的，生產蜂巢素的材料是蜜蜂的巢脾(主要成分是蜂蠟)，而蜂巢蜜則是蜜蜂完全釀制成熟并封蓋的蜜脾，也就是說蜂巢蜜實際上是連巢帶蜜一起食用的，因此蜂巢素和蜂巢蜜從來源上看就是截然不同的兩種東西。
二、成分不同
蜂巢素的主要成分是脂肪酸、鞣質、甙類、氨基酸、酶類及微量元素，蜂巢蜜主要是由蜂蜜和蜂巢構成的，其中蜂蜜的主要成分是葡萄糖和果糖，尚含少量的蔗糖、維生素、礦物質等成分，而蜂巢的主要成分是蜂蠟，并含少量的花粉、蜂膠、蜂王漿等成分。
三、功效不同
蜂巢素的作用主要是抗菌消炎，因此對鼻炎、咽炎、風濕性關節炎等有一定的效果，尤其可迅速緩解因過敏性鼻炎引起的鼻塞、流涕、頭痛、頭暈等不適癥狀，而蜂巢蜜則更側重于作營養保健品食用，功效主要體現在增強免疫、抗菌消炎及緩解疲勞等方面。
四、價格不同
蜂巢素的價格因規格、品牌等不同而有差異，一般要30～50元左右一瓶(500毫升)，而蜂巢蜜大多要80～300元一斤，事實上不管是中蜂還是意蜂生產的蜂巢蜜都比較貴，尤其是中蜂生產的蜂巢蜜基本都在100元以上，因此從價格上看蜂巢蜜比蜂巢素貴得多。
總結：蜂巢素和蜂巢蜜實際上有著本質的區別，其中蜂巢素是用蜂巢為主要材料精制成的，而蜂巢蜜則是連蜂巢帶蜂蜜一起食用的蜜脾，因此不要錯誤的認為蜂巢素和蜂巢蜜是一種東西。
